Sköpunarsinnarnir sem Darwin átti í höggi við héldu fram þeirri kenningu að Guð hafi skapað hverja einstaka tegund óháð annarri. Breski guðfræðingurinn William Paley (1743-1805) gerði þessa hugmynd fræga í bókinni Natural theology: Or, evidences of the existence and attributes of the deity, collected from the appearances of nature (1802; Náttúruguðfræði eða sönnur á tilveru og eiginleikum guðdómsins sem ráða má af fyrirbærum náttúrunnar). Þessi bók er almennt talin hafa haft mikil áhrif á Darwin og talsmenn vithönnunar nú á dögum vísa með aðdáun í Paley, en ólíkt honum hafna þeir ekki alfarið þróun lífsins.
Þannig segir Michael Behe, einn helsti kenningasmiðurinn um vithönnun, að:hugmyndin um sameiginlegan uppruna [að allar lífverur eigi sameiginlegan forföður] [sé] frekar sannfærandi og [ég] hef enga sérstaka ástæðu til þess að efast um hana.Behe lét þessi orð falla í bókinni Darwin’s Black Box frá 1996, þar sem hann setur fram hugmyndina um ósmættanlegan margbreytileika (e. irreducible complexity). Behe skilgreinir þetta fyrirbæri sem:
einstök kerfi sem samsett eru úr mörgum samhangandi, gagnvirkum hlutum er leggja sitt af mörkum til grunnstarfseminnar á þann hátt að starfsemi kerfisins stöðvast ef einhver hlutanna er fjarlægður.Behe heimfærir þessa hugmynd síðan á efnaferli frumunnar og líffæri hennar, sem hann telur oft einkennast af ósmættanlegum margbreytileika. Hann nefnir sem dæmi halann á bakteríum og kerfið sem knýr hann áfram, sem hann segir að hefði einungis getað komið fram í árdaga lífsins á jörðinni undir „handleiðslu vitræns orsakavalds“. Með því að vísa til guðlegrar orsakar brýtur Behe gegn gróinni vinnureglu vísinda; ef slíkt væri leyfilegt í vísindum gætum við alveg eins gefið ímyndunaraflinu lausan tauminn um alla hluti og þar með aldrei komist að einni niðurstöðu umfram aðra. Með þess konar verklagi verður kenningin ekki lengur í kallfæri við vísindin; vísindamenn geta þá í rauninni harla lítið um hana sagt annað en að hún teljist ekki til vísinda.

Hugmyndin um vithönnun (e. intelligent design) felur í sér að yfirnáttúruleg öfl eigi þátt í sköpun og þróun lífsins
Eins og áður er sagt er hugmyndin um vithönnun í rauninni náskyld náttúruguðfræðinni sem Paley setti fram í bók sinni frá 1802 og Darwin þekkti vel. Það er því vel við hæfi að vitna í niðurlagsorð 5. kafla Uppruna tegundanna þar sem hann segir að þetta sjónarmið „jafngildi því að líta svo á að verk Guðs séu blekkingarleikur með eftirlíkingar“. Sumir guðfræðingar taka einnig undir þetta. Bandaríski guðfræðingurinn John F. Haught segir til að mynda í bók sinni Deeper than Darwin að það sé „raunvísindalega og guðfræðilega fráleitt að leita of snemma skjóls í endanlegum skýringum í viðleitni okkar til að skilja hinn náttúrulega heim.“ Með "endanlegum skýringum" á hann við skýringar sem vísa í yfirnáttúrleg eða trúarleg fyrirbæri, en þær eru kallaðar svo af því að sá sem fellst á þær þarf ekki að spyrja neins frekar. Ástæðu þessa telur Haught þá að „grundvöllur trúarlegrar reynslu sé, eftir allt saman, sá að hin endanlega tilvera sé handan skilnings okkar. Ef við gætum skilið hana væri hún ekki endanleg“.
Margir virðast eiga býsna erfitt með að sætta sig við það að vísindi hvers tíma séu ævinlega ófullkomin og svari ekki öllum spurningum sem okkur getur dottið í hug að spyrja. Einföld viðbrögð við þessum vanda eru tvenns konar.
Í fyrsta lagi geta menn leitað á aðrar slóðir eftir svörum og skýringum sem vísa þá í yfirnáttúrleg fyrirbæri, guðleg öfl eða annað sem þarf ekki frekari rökstuðning, en mörgum öðrum þykir ef til vill ekki bæta neinu við skilninginn. Engu að síður þarf þessi leið ekki að koma vísindum neitt við eða trufla starf þeirra ef þess er gætt að rugla vísindalegri þekkingu ekki saman við aðrar hugmyndir.
Í öðru lagi getum við valið leið vísindamannsins sem viðurkennir vanþekkingu sína en lítur jafnframt á hana sem ögrun og hvatningu til að halda áfram að leita vísindalegra svara. Hann beitir jafnframt sjálfan sig þeim aga að freistast ekki til að grípa til órökstuddra, yfirnáttúrlegra eða óvísindalegra skýringa og bera þær fram sem fullgildar.
Þriðja leiðin er sú sem vithönnunarsinnar og aðrir hafa reynt að fara. Þá ætla menn sér að leyfa yfirskilvitleg svör við þeim spurningum sem vísindi hvers tíma geta ekki svarað, og kalla þessi svör samt sem áður vísindi. Þessi leið er að okkar mati ófær, ekki aðeins vegna þess að svörin kunni að vera efnislega röng, heldur fyrst og fremst vegna þess að aðferðin er röng og myndi stöðva framfarir í vísindum ef hún yrði allsráðandi. Sá sem getur látið eftir sér að svara spurningum með því að vísa í yfirnáttúrleg öfl eftir geðþótta þarf ekki lengur að leita annarra og harðsóttari skýringa.
Við skulum að lokum kristalla þetta enn frekar með því að svara upphaflegu spurningunni: Svarið er já. Langflestir vísindamenn útiloka hugmyndina um vithönnun sem vísindalega skýringu á upphafi eða þróun lífsins. Með þessu er hins vegar ekki tekin nein afstaða til vithönnunar sem hluta af hugmyndaheimi mannanna utan vísinda.
Áhugasömum lesendum er að lokum bent á skylt svar sama höfundar við spurningunni Er þróunarkenningin bara kenning eða er hún staðreynd? Einnig má finna tengd svör með því að smella á efnisorðin hér fyrir neðan.Myndir: