Flestir eru sammála um að næringarefnainnihald í mat úr örbylgjuofnum sé alls ekki minna en í mat sem eldaður er á hefðbundinn hátt og jafnvel meira í sumum tilfellum.

Matreiðsla veldur alltaf einhverju tapi á næringarefnum og þá aðallega á vatnsleysanlegum vítamínum (B-vítamínum og C-vítamíni) sem annaðhvort leka út í vatn við suðu eða skemmast vegna hitunar. Þegar matur er eldaður í örbylgjuofni tapast því minna af vatnsleysanlegum vítamínum heldur en við suðu.

Þó er eitt vítamín mjög viðkvæmt fyrir örbylgjum, en það er B12-vítamín, sem er aðallega að finna í kjöti og mjólkurafurðum. Til að koma í veg fyrir tap á vítamíninu ætti því frekar að nota venjulegan ofn eða pönnu við matreiðslu þessara fæðutegunda heldur en örbylgjuofninn.