Með heitunum 5’ og 3’ sem lýsa enda kjarnsýrusameindar er vísað til númera á kolefnisatómum (C) sykrusameindarinnar sem er hluti af hverju kirni (núkleótíði) í kjarnsýrukeðju. Nánar tiltekið er átt við númer þess kolefnisatóms í sykrunni sem er næst endanum. Áður en lengra er haldið er ágætt að lesa nánar um kjarnsýrur í svari sama höfundar við spurningunni Hvað er DNA og RNA og hvert er hlutverk þeirra?

Kirnin eru sett saman úr sykru (ríbósa í RNA en deoxýríbósa í DNA), niturbasa (adeníni, gúaníni, týmíni og cýtósíni í DNA, en í RNA kemur úrasíl í stað týmíns) og fosfórsýru (sjá mynd hér fyrir neðan). Kolefnisatóm í sykrusameindinni eru fimm og hafa sömu innbyrðis afstöðu í öllum sameindunum. Venja er að tölusetja þau á tiltekinn hátt eftir stöðu sinni eins og sýnt er á myndinni. Fosfórsýruhópur tengir hýdroxýlhóp (OH) á kolefnishóp nr. 3 í einni sameind við nr. 5 í þeirri næstu. Þannig myndast keðja en á öðrum endanum verður kolefnisatóm nr. 3 með hýdroxýlhóp og á hinum kolefnisatóm nr. 5 með hýdroxýlhóp sem á myndinni er

tengdur fosfathópi. Í tvöfalda DNA-gorminum eða -helixnum, sem er sýndur útflattur á myndinni, snúa DNA-þættirnir hvor í sína áttina miðað við stefnuna sem er innbyggð í sykrusameindina.

Í keðjuendanum efst til vinstri á myndinni er það kolefnisatómið 3' sem er næst endanum og hann er því táknaður með 3'. Hægra megin er það hins vegar 5' sem er næst endanum og hann fær heiti samkvæmt því. Á endunum neðst á myndinni snýst þetta við af nokkuð augljósum ástæðum: Það er gagnstæður endi sem snýr niður í sameindunum og síðasta sykran snýr því þeim enda út.

Mynd:

Griffiths A.J.F. o.fl. 1996. An Introduction to Genetic Analysis. 6. útg. New York: W.H. Freeman and Company.