Notkun á vafrakökum hefur oft verið gagnrýnd vegna þess að sum fyrirtæki hafa notað kökur til að safna upplýsingum um hegðunarmynstur einstaklinga á vefnum, og hafa sum verið sökuð um að tengja slíkar upplýsingar við aðrar upplýsingar svo sem innkaupamynstur. Hægt er að stilla flesta vafra til að þeir taki ekki á móti kökum. Einnig er hægt að eyða kökum af tölvu sinni en notandinn þarf þá að vera við því búinn að sum verk kosti meiri tíma og fyrirhöfn en ella. Aðferðirnar sem notaðar eru til þessa eru mismunandi eftir tegund vafra. Á vefsíðum Microsoft eru leiðbeiningar til að eyða kökum fyrir nýrri gerðir vafrans Internet Explorer. Frekara lesefni af Vísindavefnum:
- Hvernig er hægt að verjast tölvuveirum og öðrum hættum á netinu? eftir Erlend S. Þorsteinsson
- Hver er mest sótta heimasíðan á veraldarvefnum? eftir Heiðu Maríu Sigurðardóttur
- Hvernig virkar torrent? eftir Baldur Blöndal
- Hver var fyrsta heimasíðan og hvar er hægt að finna hana? eftir Hauk Hannesson