Innri öndun er kölluð öðru nafni frumuöndun og fer fram í hverri einustu frumu líkamans. Þetta er í raun efnaferli þar sem orkuefni, sem við höfum fengið með fæðunni og hafa borist með blóðrásinni frá meltingarfærum til vefja líkamans, eru brotin niður í frumunum til að fá úr þeim orku. Þessi efni eru sykrur (carbohydrates), fita og prótín.

Niðurbrotið gerist í mörgum skrefum þar sem orkan er losuð úr efnunum í smáskömmtum. Það væri lífshættulegt ef orkan losnaði öll á einu bretti þar sem hún er svo mikil að varminn sem þannig yrði til myndi eyðileggja prótínin sem eru aðalbyggingarefni frumanna.

Frumuöndun getur ýmist farið fram með eða án súrefnis. Fari hún fram með súrefni er talað um loftháða frumuöndun eða bruna. Við bruna sundrast efnin algjörlega í lokaafurðirnar koltvíoxíð og vatn sem við öndum frá okkur. Við bruna fáum við hámarksorku úr hverri sameind orkuefnis.

Sé ekki nægt súrefni til staðar fer fram svokölluð loftfirrt frumuöndun, til dæmis mjólkursýrugerjun sem myndar mjólkursýru. Við loftfirrta öndun sundrast efnin ekki alveg og minni orka fæst úr hverri sameind en fengist við bruna. Slíkt gerist við mikla líkamlega áreynslu þegar lungun ná ekki að sjá líkamanum fyrir nægu súrefni til að bruni eigi sér stað.

Mikil mjólkursýrumyndun í vöðvum er ekki æskileg þar sem hún hefur í för með sér súrnun þeirra. Ef sýrustigið víkur verulega frá kjöraðstæðum dregur það úr starfsgetu vöðvanna. Mjólkusýrumyndun er því vísbending um skort á súrefni þar sem lítið væri af henni ef vöðvarnir gætu stundað bruna og nýtt orkuefnin betur. Lesa má meira um mjólkursýrumyndun í svari Önnur Rögnu Magnúsardóttur við spurningunni Hvað er mjólkursýra og hvaða tilgangi þjónar hún?

Að lokum má bæta því við að frumuöndun fer fram í öllum lífverum, hvort sem þær eru einfaldar eða flóknar. Sömu efnaferlin eru að verki og hefur þetta verið notað sem ein röksemd fyrir þeirri kenningu að allar lífverur hafi þróast frá sameiginlegum forföður sem er fyrsta fruman.