Morgan fékk áhuga á erfðafræði upp úr aldamótunum 1900, þegar lögmál Mendels voru enduruppgötvuð af Hugo de Vries (1848–1935) og Carl Correns (1864–1933).* Hann vann fyrst með mýs og rottur en vegna þess að erfðafræði þarfnast tilrauna sem spanna margar kynslóðir, sneri hann sér um 1907 að ávaxtaflugunni (Drosophila melanogaster), sem William E. Castle (1867–1962) hafði prufukeyrt árið 1901. Ávaxtaflugur mynda fullvaxta afkvæmi á tæpum tveim vikum við herbergishita, en engu að síður þurfti Morgan að bíða eftir niðurstöðum. Hugmynd hans var að fjölga flugum, æxla þeim saman og leita að frávikum. Mendel vann með ertur og hafði fundið litaafbrigði, hrukkaðar og sléttar baunir, dvergvaxin afbrigði og svo framvegis, en Morgan fann ekkert áþekkt. Hann játaði við gest á tilraunstofunni að hann væri við það að gefast upp, „Tveggja ára vinna er farinn í súginn, ég hef æxlað flugum allan þennan tíma og hef ekkert upp úr krafsinu“.**
En snemma árs 1910 uppskar hann laun erfiðis síns. Í einni flöskunni fann hann hvíteygða karlflugu. Venjulegar ávaxtaflugur eru rauðeygðar eins og sjá má á myndinni hér að neðan. Hann gerði eins og Mendel, æxlaði saman einstaklingum og fylgdi eftir öllum afkvæmum. Hvíteygða karlflugan eignaðist bara rauðeygð afkvæmi. Það sýnir að rauða samsæta gensins er ríkjandi yfir þeirri hvítu. Því næst æxlaði hann saman afkomendunum, bræðrum við systur, og þá birtust hvíteygðar flugur aftur. Honum til mikillar undrunar voru hvíteygðu flugurnar allar karlkyns. Hann hafði fundið erfðaþátt sem var bundinn við kyn.

Spendýr og ávaxtaflugur eru eins að því leyti að kvendýrin eru XX og karldýrin XY (sjá svar Guðmundar Eggertssonar við spurningunni Hvað getið þið sagt mér um kynlitninga?). Hvít- og rauðeygðar karlflugur komu fram í jöfnum hlutföllum, sem studdi þá túlkun að um X-tengt gen væri að ræða (sjá skýringarmynd).

- gen eru á litningum,
- hvert gen er takmarkað við einn litning,
- augnlitsgenið white er á X-litningnum en finnst ekki á Y-litningnum,
- villigerðar (wild-type) útgáfan (sem myndar rauð augu) - kallað allel eða samsæta - er ríkjandi yfir stökkbreytingunni (með hvít augu).
- Eric R. Kandel. Thomas Hunt Morgan at Columbia University - Genes, Chromosomes, and the Origins of Modern Biology á Columbia University.
- The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1933 - Thomas H. Morgan á Nobelprize.org.
- Robert E. Kohler. 1994. Lords of the Fly: Drosophila Genetics and the Experimental Life University of Chicago Press.
- Ræktun ávaxtaflugna á Homegrown Scientists
- The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1946 - Hermann J. Muller á Nobelprize.org.
- Um A. H. Sturtevant á Electronic Scholary Publishing
- Mynd af Morgan: The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1933 - Thomas H. Morgan á Nobelprize.org.
- Drosophila melanogaster á Wikimedia Commons.
- Mynd af erfðum hvíta gensins: Sexlinked inheritance white á Wikimedia Commons.
* Eftir Einari Árnasyni, Arfleifð Darwins 2010: „Erich von Tschermak (1871–1962) er stundum einnig sagður hafa enduruppgötvað lögmál Mendels. Curt Stern (1902–1981) og Eva R. Sherwood álíta það oftúlkun í bók sinni The Origin of Genetics: A Mendel Source Book (1966), Tschermak hafi vissulega fundið greinar Mendels en hann hafi ekki gert tilraunir sem sýni að hann hafi sjálfur uppgötvað lögmálið.“
** "Two years work wasted," he lamented to one visitor to his laboratory. "I have been breeding those flies for all that time and I've got nothing out of it."(Harrison, R.G., "Embryology and Its Relations".)