Biskupinn styrkti hann líka til að nema við háskólana í París og Montaigu. Þar komst hann í kynni við endurreisnarstefnuna og fornmenntastefnuna og gekk henni á hönd og snerist til mikillar andstöðu við skólaspekina sem ráðandi var innan háskólanna. Hann dvaldist um tíma við háskólann í Louvain, sem hann átti raunar þátt í að stofna, og í Cambridge þar sem hann var um tíma kennari. Hann heimsótti líka Ítalíu og var um tíma við háskólann í Torino og lauk þaðan doktorsprófi 1506. En hann settist hins vegar hvergi að til langframa heldur ferðaðist mikið og ávann sér vináttu bæði fræðimanna og þjóðhöfðingja sem styrktu hann fjárhagslega.
Erasmus gat sér fljótt orð sem mikill lærdómsmaður og tungumálamaður. Hann var hvass penni og háðskur með afbrigðum og einkum voru munkar og klerkar skotspónn hans og uppskar hann ekki þakklæti þeirra stétta. Hann réðst á yfirbótarkerfi kirkjunnar og líferni klaustrafólks fannst honum bera vott um hræsni. Ólíkt mörgum fornmenntavinum öðrum leitaði áhugi Erasmusar ekki til hinnar gullnu fornaldar Grikkja og Rómverja heldur til Nýja testamentisins og rita kirkjufeðranna og annaðist hann útgáfu á verkum þeirra í nýjum þýðingum á latínu. Guðfræði sagði hann að ætti fyrst og fremst að vera lestur Biblíunnar út frá frummálunum og skólaspekina gagnrýndi hann fyrir að skyggja á hina einföldu kenningu og lífsspeki Jesú sjálfs. Í stað þess að uppfræða fólk um guðrækni og góða siði stunduðu háskólaguðfræðingar innihaldslausar kappræður um að meira eða minna leyti tilgangslausa hluti.
Meðal helstu rita Erasmusar var Lof heimskunnar, sem komið hefur út í íslenskri þýðingu 1996, og veitist hann þar að skólaspekinni. Hann safnaði líka saman grískum og latneskum spakmælum og gaf út undir heitinu Adagia. Þá ritaði hann leiðbeiningar um það hvernig mennta ætti kristna þjóðhöfðingja, Institutio principis Christiani, og tileinkaði ungum spænskum fursta sem síðar varð Karl V. keisari Hins heilaga rómverska keisaradæmis.
En helsta framlag hans til guðfræði var, auk útgáfu á ritum kirkjufeðranna, að gefa út grískan texta Nýja testamentisins ásamt nýrri latneskri þýðingu. Sjálfan hafði hann lengi dreymt um að frumtexti Nýja testamentisins væri til í aðgengilegu formi handa fræðimönnum og vildi hann að ný latnesk þýðing fylgdi því að latínan á þýðingu Híerónýmusar fannst honum alls ekki nógu góð og þar að auki röng á mörgum stöðum. Hann gekk því frá nýrri þýðingu á latínu úr frummálinu grísku. Nýja testamenti Erasmusar á grísku og latínu kom út 1516. Sú útgáfa hafði mjög mikla þýðingu fyrir framgang siðbótarinnar en siðbótarmenn vildu þýða Biblíuna á þjóðtungurnar úr frummálunum hebresku og grísku. Lúther eignaðist Nýja testamenti Erasmusar fljótlega eftir útgáfu þess og varð mjög gagntekinn af því bæði af því að það opnaði honum frumtextann og eins af því að hin nýja latneska þýðing Erasmusar leiddi í ljós hversu ónákvæm latneska þýðingin í Vúlgötu væri. Nýja testamenti Erasmusar varð undirstaðan að þýðingu Lúthers á Nýja testamentinu.


Erasmus óttaðist að klofningur kirkjunnar mundi leiða til glundroða bæði í kirkjulegu og stjórnmálalegu tilliti. Stjórnmálaleg og félagsleg hugsjón hans var að menntaðir og upplýstir þjóðhöfðingjar gætu bundist bandalögum til að efla hið góða og væri sameinuð kirkja áhrifamesta verkfærið til uppeldis þegnanna í góðu siðferði. Ef kirkjan klofnaði yrðu þeir á hinn bóginn að gerast þátttakendur í deilum sem gætu að lokum leitt til blóðugra átaka. Erasmus vildi í lengstu lög forðast deilur en þegar hann var loks knúinn til að taka afstöðu og spjótin beindust að honum úr báðum áttum þá ákvað hann að takast á við spurninguna um frelsi manna til að taka ákvarðanir. Bók sína nefndi hann Um frjálsræði viljans (De libero arbitrio) og þar heldur hann því fram að menn geti með viljaákvörðun einni ráðið lífi sínu og valið veginn til lífsins eða veginn til glötunar. Hann hrósaði þar Lúther fyrir ákveðin atriði en ásakaði hann um leið fyrir að vera fullur mótsagna og hafna frelsi mannsins til athafna og kenna að allt væri fyrirfram ákveðið. Lúther svaraði Erasmusi með riti sem hann nefndi Um ánauð viljans (De servo arbitrio) og komið hefur út í íslenskri þýðingu 2003. Þar viðurkenndi hann að maðurinn væri frjáls að því að taka ákvarðanir um hversdagsleg atriði síns daglega lífs. Samt sem áður væri frelsi manna í tímanlegum efnum aldrei algert hvað þá að það næði til eilífs lífs þar sem menn væru bundnir fyrirfram af því sem Guð hefur gert fyrir þá í Jesú Kristi. Með ádeiluritinu um frjálsræðið var teningnum kastað og Erasmus hélt sig innan veggja rómversku kirkjunnar. Hann átti hins vegar oft erfitt uppdráttar meðal trúbræðra sinna því að þeir mundu vel háðsglósur hans og gagnrýni á kirkjulegar kenningar og stofnanir. Mótmælendur hlutu líka að tortryggja hann. Hugmyndir hans á endurbótum á háskólunum urðu mikill hvati Filippusi Melankton, samstarfsmanni Lúthers, er hann hófst handa við endurreisn og nýskipulagningu menntamála. Síðar tóku Jesúítar þær hugmyndir upp er þeir hófu sínar umbætur í menntamálum. Heimili Erasmusar stóð lengi í Basel og þar voru öll helstu verk hans prentuð og gefin út. Þegar siðbótarmenn náðu völdum í Basel árið 1529 fluttist hann til Freiburg í Breisgau. Er hann var staddur í Basel sumarið 1536 vegna prentunar á einhverju rita sinna fékk hann blóðkreppusótt og andaðist þar 12. júlí. Hann var jarðsettur í dómkirkjunni í Basel. Erasmusar er minnst sem mannvinar. Hugsjón hans var að mönnum og þjóðum mætti auðnast að eiga friðsamleg samskipti á sem víðtækustum sviðum. Upplýst umræða byggð á þekkingu, skynsemi, virðingu fyrir öðrum og auðmýkt frammi fyrir Guði og mönnum væri drifkraftur í mannlegum samskiptum og skapaði skilyrði fyrir sátt og einingu í samfélaginu. Í virðingarskyni við hann er áætlun Evrópuríkja um stúdentaskipti nefnd eftir honum, Erasmusáætlunin. Myndir:
- Mynd af Erasmusi: Desiderius Erasmus á Wikipedia. Málverk frá 1523 eftir Hans Holbein yngri (1497 –1543). Sótt 22. 8. 2011.
- Mynd af styttu: Season 18. Styttan er eftir Hendrick de Keyser (1565-1621). Sótt 22. 8. 2011.
- Mynd frá Erasmus-háskólanum í Rotterdam: TopMBA. Sótt 22. 8. 2011.